东莞港经营业务包括码头、物流、石化、公用和建材五大部分 [17] 。其中,内河港区主要转运成品油、矿建材料、水泥、粮食、化肥等 [3] ;其中石龙作业区为“水铁联运”中心,也是中东物流的集散基地 [4] 。外海港区主要货物品种包括:木材、钢铁、化工原料及其制品、轻工、医药产品、矿建材料、石油、天然气、煤炭、水泥、棉花和粮食等 [3] 。东莞国际集装箱码头主营业务有:集疏运网络、班轮驳船及拖车服务、物流配套服务、出口拼箱业务、散集一体化装箱服务、进口保税和进口拆箱服务、危险品作业和散件杂货业务 [18] 。
东莞港沙田港区主要发展集装箱、物流仓储、精细化工、临港工业、商贸配套等;麻涌港区主要发展粮食、煤炭以及建材等散杂货运输及粮油加工业;沙角港区主要发展旅游休闲的滨水商贸区;长安港区侧重发展大型深水泊位和临海工业,为远期发展区域;内河港区主要为东莞提供综合性传统运输服务 [19] 。